El atajo personalizado empezó a funcionar. Algunos atajos incorporados dejaron de funcionar, como command-space para la búsqueda en Spotlight y command-tab para el cambio de aplicación. Tenía máquinas virtualbox en funcionamiento pero las ventanas estaban minimizadas. Después de cerrar las máquinas virtualbox en funcionamiento - los atajos, incluyendo el atajo personalizado, comenzaron a funcionar de nuevo. Sólo puedo suponer que de alguna manera la captura de la clave de host hecha por las máquinas virtualbox no fue devuelta correctamente en la minimización de la aplicación y que al cerrar las máquinas virtuales en ejecución la clave de host (comando) fue devuelta al sistema operativo anfitrión (mac).
Eso tiene más sentido para los accesos directos de la tecla host (comando) incorporados, pero el acceso directo personalizado que había dejado de funcionar sólo cuando se mostraba el menú del buscador no utiliza la tecla host. Era ctrl-shift-f15 y por qué sólo no funcionaba cuando el menú del buscador era visible es también muy extraño. Los accesos directos incorporados dejaron de funcionar por completo, aunque el icono de búsqueda de Spotlight de la bandeja de menús siguió funcionando correctamente.
Habría intentado cerrar la sesión y volver a entrar o reiniciar si hubiera sospechado que este acceso directo había funcionado anteriormente cuando el menú del finder estaba activo, pero debido a mi relativo reciente cambio a mac no me di cuenta de que había dejado de funcionar, sólo que no funcionaba.
¡Gracias por toda la ayuda y sugerencias sobre este tema!