¿Cómo sustituir una carpeta cuyo nombre es una fecha, es decir, AAAAMMDD, por una jerarquía de carpetas con año, mes y fecha?

Puede utilizar lo siguiente en Terminal. cd a la carpeta que lo contiene, y luego ejecute lo siguiente:

find . -type f -exec bash -c \
  'F=$(sed -E "s#^\./([0-9]{4})([0-9]{2})([0-9]{2})#\1/\2/\3#" <<< $1);\
  mkdir -p -- $(dirname "$F");\
  mv -- "$1" "$F"' - {} \;

find . -type f obtiene todos los archivos del directorio actual de forma recursiva.
-exec bash -c abre un shell para ejecutar los siguientes comandos.
F=$(…) abre un subshell y utiliza sed en la ruta del archivo para manipular la ruta en las carpetas.
^\./([0-9]{4})([0-9]{2})([0-9]{2}) es una regex con tres grupos de captura, como sigue:
\1/\2/\3 es la sustitución, donde cada grupo de captura ( \1 etc.) están separados por / .
mkdir -p -- $(dirname "$F") crea los directorios a los que mover los archivos.
mv -- "$1" "$F" mueve cada archivo a su carpeta correspondiente.

Esto toma la jerarquía de la izquierda y la convierte en la jerarquía de la derecha:

 20170201                2017
    abcdefghij              02
 20170302                       01
     abcdefghij 2                   abcdefghij
                                03
                                    02
                                        abcdefghij 2

Si hay otros archivos en la carpeta contenedora con una fecha como nombre, se moverán como si fueran una carpeta. Para evitarlo, sustituya la segunda línea por:

  'F=$(sed -E "s#^\./([0-9]{4})([0-9]{2})([0-9]{2})(?:/.+)#\1/\2/\3#" <<< $1);\

El (?:/.+) asegura que la ruta tiene un componente posterior, por lo que ignora todo lo que no tenga un hijo en el directorio padre que sean archivos.