Aparece aleatoriamente la ventana emergente "Cambios de firmware detectados".

¿Qué puede haber causado esto?

La beta de macOS Sierra 10.12.5 (y la beta 10.12.4 anterior) incluía una herramienta eficheck. Esta herramienta está diseñada para verificar su firmware EFI leyendo los datos de la flash de la interfaz periférica serie (SPI) y verificando que su firma es válida (es decir, que no ha sido manipulada). Básicamente hace esto para prevenir problemas de estabilidad y seguridad del sistema.

Por lo tanto, si has instalado alguna de estas betas, eso explicaría lo que causado esto. Si no instalaste ninguna de esas betas, entonces estoy perdido - excepto para decir que es muy probable que la herramienta eficheck se incluya en la versión pública de macOS Sierra 10.12.5. No creo que forme parte de la versión pública de macOS Sierra 10.12.4.

En cualquier caso, puede comprobarlo introduciendo el kextstat en el Terminal y buscando la salida a través de Find CommandF y buscando eficheck.kext (o parte de él).

Veo el archivo eficheck.bin, ¿cómo puedo saber si mi firmware EFI está bien?

Una vez más, parto de la base de que tienes la beta instalada. Si es así, yo no me preocuparía por ello, ya que muchos usuarios informaron de ver esto a pesar de que su firmware no fue modificado, etc.

Después de enviar esto a Apple, ¿qué ocurre a continuación?

Si eliges enviar los datos pertinentes a Apple, sólo se recogen y transmiten los cambios inesperados en el firmware de tu ordenador y sólo los detalles generales de tu ordenador (como el modelo). En cuanto a lo que sucederá después, bueno, no estoy seguro de lo que hará Apple con estos datos. Sólo el tiempo lo dirá.

Más información fue disponible en: https://support.apple.com/kb/HT207475 pero ya ha sido eliminado (estaba allí hace tan sólo tres días). Lo incluyo aquí porque espero que Apple lo vuelva a publicar después del lanzamiento de MacOS Sierra 10.12.5. Si no es así, lo editaré/borraré (según corresponda) de esta respuesta.