El Photo Stream no tiene ningún impacto en tu almacenamiento en iCloud. Además, el almacenamiento iCloud no se limita a tu unidad iCloud: además de otros datos (p. ej., correo, contactos, notas, fototeca iCloud, etc.), tu almacenamiento iCloud también incluye las copias de seguridad iOS que hayas habilitado (p. ej., de un iPod, iPhone y/o iPad).
Si tienes un dispositivo iOS, puedes ir a Ajustes > iCloud y comprueba si tienes las copias de seguridad activadas. Mientras estés allí, también puedes comprobar qué otras cosas están habilitadas.
Además, también puedes ir a Ajustes > General > Almacenamiento y uso de iCloud y luego dar un golpecito en Gestionar el almacenamiento al final de la lista de iCloud. Esto le dará un desglose de su uso de datos.