Lo cual es más rápido: Cifrar el disco externo vacío o dejar los datos en el disco mientras se cifra.

Gracias por los consejos. He calculado que el cifrado va al 1% cada 50 minutos. Entonces, ¿crees que teniendo los datos en el disco se cifrará igual de rápido/si no más rápido?

El proceso de encriptación en sí no va más rápido en un disco vacío o lleno. Si hubieras dejado los archivos en el disco para empezar, entonces el tiempo total hasta la finalización habría sido más corto. Pero como ya has empezado el proceso, es bastante discutible. Si tu unidad es un disco giratorio, querrás esperar hasta que el proceso se complete antes de mover los archivos de vuelta, porque se ralentizaría todo hasta el punto de no poder avanzar. Si se trata de un SSD y/o realmente necesitas los archivos allí, sigue adelante y trata de mover algunos de ellos de nuevo, y ver cómo afecta el rendimiento.

¡¡¡Sólo quería daros las gracias a los dos porque tanto la pregunta como la respuesta me han sido MUY útiles!!!