Solución

La solución utiliza dos archivos: environment.plist y environment.conf .

environment.plist debe colocarse en ~/Library/LaunchAgents para una solución por usuario (recomendada), o en /Library/LaunchAgents para una solución global (no recomendada - potencial laguna de seguridad).

environment.conf puede colocarse en casi cualquier lugar. $PATH_TO_ENVIRONMENT_CONF pueden ser relativas, pero sólo a las variables de entorno "por defecto", o a las que estén definidas en un EnvironmentVariables clave. 1

environment.plist :

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE plist PUBLIC "-//Apple//DTD PLIST 1.0//EN" "http://www.apple.com/DTDs/PropertyList-1.0.dtd">
<plist version="1.0">
<dict>
  <key>Label</key>
  <string>local.launchd.environment</string>
  <key>ProgramArguments</key>
  <array>
    <string>sh</string>
    <string>-c</string>
    <string>xargs -L 1 launchctl &lt; $PATH_TO_ENVIRONMENT_CONF</string>
  </array>
  <key>RunAtLoad</key>
  <true/>
</dict>
</plist>

environment.conf :

setenv ATOM_HOME $HOME/.config/atom
setenv SOME_VAR "Use quotes if spaces are necessary"

Cómo funciona

Cuando un usuario se conecta, los LaunchAgents en ~/Library/LaunchAgents se ejecutan. En este caso, sh -c xargs -L 1 launchctl < $PATH_TO_ENVIRONMENT_CONF se ejecuta. launchctl gestiona demonios y agentes. En este caso, lo estamos utilizando para establecer una variable de entorno accesible a todas las aplicaciones y al shell.

xargs -L 1 launchctl < $PATH_TO_ENVIRONMENT_CONF

xargs                     # xargs converts stdin to command line arguments
xargs -L 1                # Tells xargs to invoke launchctl for each line
           launchctl      # Run launchctl with the arguments
                     < # Since a plist is an xml document, angle brackets must be escaped. 

                     < $PATH_TO_ENVIRONMENT_CONF
                          # This tells xargs to read input from the file at $PATH_TO_ENVIRONMENT_CONF

Esta solución también puede extenderse a otros subcomandos de launchctl.