El comando clave por defecto para cambiar las fuentes de entrada es Cmd ⌘ space que puede estar activando accidentalmente.
Por los comentarios, entiendo que el nuevo valor por defecto desde El Capitán es Ctrl ⌃ space Sin embargo, también parece que se mantendrá en la antigua configuración si se actualiza desde un sistema operativo anterior.
Para eliminar las fuentes de entrada no deseadas, vaya a Preferencias del Sistema > Teclado > Fuentes de entrada y elimine todas excepto la que desee conservar.
Alternativamente, si quiere mantener las otras fuentes pero no activarlas accidentalmente, entonces elimine los accesos directos en Preferencias del Sistema > Teclado > Accesos directos > Fuentes de entrada. [Esta opción sólo es visible si tiene más de una fuente en el panel de preferencias anterior].
Una vez eliminado el comando clave para cambiar las fuentes, se puede cambiar desde la bandera de la barra de menús.
Si elimina todas las fuentes excepto una, el icono de la bandera desaparecerá.