La unidad USB de Lion que compró funciona para actualizar un Mac con Snow Leopard (10.6) o, por supuesto, puede utilizarla para instalar Lion en una unidad desnuda (borrada).
La mayoría de la gente hará una copia de seguridad (utilizando la unidad USB de arranque para ejecutar la Utilidad de Discos) en una unidad externa o, alternativamente, instalará Lion en una unidad externa.
En ese momento puedes migrar a mano las cosas o ver si el Asistente de Migración te ayuda a mover tus documentos y las Apps que son compatibles con Lion al nuevo SO.
Como acabas de comprar un producto Apple, tienes 90 días de asistencia telefónica, así que puedes llamar a AppleCare para que te ayude paso a paso si lo prefieres. La única pega sería si tu Mac no cumple los requisitos mínimos para Lion, en cuyo caso podrías devolverlo si no quieres gastar dinero en lo que haya que actualizar para ejecutar Lion.