¿Cómo puedo reasignar las teclas CMD de Mac a CTRL en Blender?

A su private.xml le falta el sólo y cambiaría las claves en todo el sistema. Además, tienes el nombre del artículo mal.

Aquí hay un private.xml que funciona:

<?xml version="1.0"?>
<root>
    <item>
        <name>Enable at only Blender - custom</name>
            <item>
                <name>Swap Command and Control</name>
                <identifier>private.swap_command_and_control</identifier>
                <only>BLENDER</only>
                <autogen>__KeyToKey__ KeyCode::COMMAND_L, KeyCode::CONTROL_L</autogen>
                <autogen>__KeyToKey__ KeyCode::CONTROL_L, KeyCode::COMMAND_L</autogen>
            </item>
    </item>
</root>

o si quiere que el "Para solicitudes" aparezca en la sección privada:

<?xml version="1.0"?>
<root>
    <item>
        <name>For Applications</name>
        <item>
        <name>Enable at only Blender - custom</name>
            <item>
                <name>Swap Command and Control</name>
                <identifier>private.swap_command_and_control</identifier>
                <only>BLENDER</only>
                <autogen>__KeyToKey__ KeyCode::COMMAND_L, KeyCode::CONTROL_L</autogen>
                <autogen>__KeyToKey__ KeyCode::CONTROL_L, KeyCode::COMMAND_L</autogen>
            </item>
        </item>
    </item>
</root>

Si quieres que la clave mod aparezca en la parte no privada "Para aplicaciones" tienes que añadirla (la clave del elemento más interno incluyendo <item> y </item> ) al archivo: /Applications/Karabiner.app/Contents/Resources/include/checkbox/apps/blender.xml.

Cualquier actualización/actualización de Karabiner eliminará/sobreescribirá su mod probablemente .

Ejemplo:

<?xml version="1.0"?>
<root>

  <item>
    <name>Enable at only Blender</name>

    <item>
      <name>FlipScrollWheel</name>
      <item>
        <name>Flip Horizontal and Vertical ScrollWheel at Blender</name>
        <identifier>remap.app_Blender_flipscrollwheel</identifier>
        <only>BLENDER</only>
        <autogen>
          __FlipScrollWheel__
          Option::FLIPSCROLLWHEEL_HORIZONTAL,
          Option::FLIPSCROLLWHEEL_VERTICAL,
        </autogen>
      </item>
      <item>
        <name>Flip Horizontal ScrollWheel at Blender</name>
        <identifier>remap.app_Blender_flipscrollwheel_horizontal</identifier>
        <only>BLENDER</only>
        <autogen>
          __FlipScrollWheel__
          Option::FLIPSCROLLWHEEL_HORIZONTAL,
        </autogen>
      </item>
      <item>
        <name>Flip Vertical ScrollWheel at Blender</name>
        <identifier>remap.app_Blender_flipscrollwheel_vertical</identifier>
        <only>BLENDER</only>
        <autogen>
          __FlipScrollWheel__
          Option::FLIPSCROLLWHEEL_VERTICAL,
        </autogen>
      </item>
    </item>
    <item>
      <name>Keys</name>
      <item>
        <name>Swap Command and Control at Blender</name>
        <identifier>private.swap_command_and_control</identifier>
        <only>BLENDER</only>
        <autogen>__KeyToKey__ KeyCode::COMMAND_L, KeyCode::CONTROL_L</autogen>
        <autogen>__KeyToKey__ KeyCode::CONTROL_L, KeyCode::COMMAND_L</autogen>
      </item>

    </item>

  </item>

</root>

con el resultado: