Uso GoodReader para esto. Puede resaltar, subrayar de diferentes maneras, hacer anotaciones y guardar copias anotadas para conservar tus originales.
También es una excelente aplicación de gestión y visualización de archivos en general. Es como una versión de "Preview.app" para iOS. Cuesta $5 en la App Store. En mi opinión, bien vale la pena.
He escuchado que iAnnotate es mucho mejor para tareas de anotación, de ahí el nombre, pero cuesta $10. Yo ya tengo GoodReader, y cumple mis necesidades, así que no veo razón para gastar $10 más solo para marcar archivos PDF.
Espero que eso haya ayudado.