(1)En mi sistema la carpeta de música de Itunes no se puede mover "desde Windows", pero puedo mover la carpeta de Música que la contiene (Click derecho, Propiedades, Ubicación). (Se puede ahorrar algo de espacio en C, pero no es la carpeta de itunes con las copias de seguridad). El primer paso para liberar espacio en C debe ser mover las carpetas que se pueden mover de esta manera, como Videos, Fotos, Documentos.
(2)En otra máquina Windows he utilizado puntos de unión para tener el directorio de las copias de seguridad físicamente en otra unidad. (Aunque sigue siendo la misma ruta desde el punto de vista de Itunes).
Si es la misma unidad física, yo repararía antes de hacer (2). También puede mover los archivos de intercambio, temporales, de hibernación, etc.
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He reducido tu mensaje a una sola pregunta que debería poder responderse (de hecho, ya tienes una respuesta). La pregunta sobre la fragmentación es mejor hacerla en un sitio centrado en cuestiones de Windows.