¿Puedo ejecutar una operación SQLite desde el Terminal?

Sí, puede utilizar el /usr/bin/sqlite3 herramienta de línea de comandos para modificar la base de datos. Viene, por defecto, con OS X, por lo que no es necesario hacer nada más que abrir una ventana de Terminal y luego ejecutar:

cd path/to/quicken/storage/directory
sqlite3 <quicken database file>

SQLite version 3.7.13 2012-07-17 17:46:21
Enter ".help" for instructions
Enter SQL statements terminated with a ";"
sqlite> UPDATE ZFIPAYEE SET ZNAME = replace(ZNAME,'DEBIT PURCHASE - ','');
sqlite> .quit

Si quieres, puedes hacerlo todo desde una línea de comandos como ésta:

sqlite3 <quicken database file> 'UPDATE ZFIPAYEE SET ZNAME = replace(ZNAME,\'DEBIT PURCHASE - \',\'\');'

Esto abrirá, modificará y cerrará el archivo de la base de datos y devolverá el aviso.

Para más información sobre el uso de la línea de comandos de SQLite también ver: http://www.sqlite.org/sqlite.html