Si Skype fuera compatible con el protocolo ReWire directamente, no habría ningún problema. Conectarías la salida de Skype a Logic 9, la pasarías por tus efectos y luego conectarías la salida de Logic 9 a la entrada de Skype. Pero Skype no es compatible con ReWire.
Así que tienes que secuestrar su flujo de entrada de audio y alimentarlo con un flujo de Logic 9. Para ello, puedes utilizar el impresionante Aplicación SoundFlower de la gran gente de Cycling '74. Es gratis.
SoundFlower se presenta como un dispositivo de audio para su ordenador. Excepto que su único uso es encaminar el audio entre aplicaciones. El modo 2ch es lo que necesitarás para lograr tu objetivo aquí.
Configurarás la entrada de audio (micrófono) de Skype para que sea la salida de SoundFlower, digamos que la salida del canal izquierdo.
En Logic crearías una nueva pista de audio que tomaría su entrada del micrófono integrado en tu Mac. Para activar el micrófono interno en Logic, ve a Preferencias -> Audio y en la pestaña Dispositivos selecciona la subpestaña Core Audio y elige 'Built-in Microphone' como dispositivo.
Crea un nuevo proyecto de Logic. Añade una nueva pista de audio mono con la entrada procedente del micrófono interno. Conecta la salida de la pista al canal de entrada de SoundFlower. Añade los efectos que quieras al canal (no es necesario utilizar un bus de submezcla en Logic). Observa los niveles en Logic y Skype y ajústalos a tu gusto.
Todo esto va a tener una cierta latencia. Y el hecho de que un tercero lo detecte o no depende de la magnitud de la latencia a medida que se acumulan los efectos.