Tengo el mismo problema usando Anaconda Python. El problema parece estar relacionado con el hecho de que Anaconda no es una instalación "framework". Para más información, ver:
https://stackoverflow.com/questions/4130355/Python-matplotlib-framework-under-macosx
y
https://github.com/matplotlib/matplotlib/issues/665#issuecomment-11327805
Con Anaconda instalada, mi opción por defecto es python
ejecutable es el de Anaconda:
$ which python
/Users/dgolden/anaconda/bin/python
Una solución que me funciona es llamar explícitamente a la instalación de Python del sistema, que se instala en /usr/bin/python
para mí, por ejemplo,
/usr/bin/python /path/to/my/script.py
Puede ahorrarse el tener que teclear creando un enlace simbólico con un nombre único que no sea sombreado por anaconda (el fw
El sufijo que utilizo sugiere "marco"):
sudo ln -s /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/bin/python /usr/bin/pythonfw
Entonces puedes ejecutar tu script con:
pythonfw /path/to/my/script.py