Parece perfectamente normal. Si ha borrado los archivos desde otro sistema operativo, si desea volver a la estabilidad, arranque con el disco de recuperación y reparación de la partición de OS X. Luego de arranque de OS X y descargar la última combo de actualización y reiniciar el sistema.
Me gustaría añadir la partición de Mac para centrar la atención en la pestaña de privacidad y sistema de cierre de preferencias. Luego me iba a quitar de la pestaña de privacidad y dejar reposar durante 30 minutos y, a continuación, ejecute el combo updater.
Mientras usted tiene una copia de seguridad de sus archivos, lo peor del caso es que usted va a terminar con un corrupto OS X lado y hay que limpiar y volver a instalar. Si desea descargar el más reciente de OS X installer durante los 30 minutos de espera arriba, es bueno tener en un disco USB por si acaso. Probablemente usted no lo necesita como el centro de atención del sistema de limpia y cuida de sí mismo bastante bien. Las únicas veces que he visto tienen enormes archivos es cuando el sistema es modificado externamente como el que usted describe.
Aquí algunos datos para respaldar mi opinión de que 900M no es anormal:
MacPro:~ bmike$ sudo du -sm /Volumes/*/.Spotlight*
2952 /Volumes/Backups/.Spotlight-V100
496 /Volumes/Data/.Spotlight-V100
1082 /Volumes/NTM/.Spotlight-V100
183 /Volumes/fast/.Spotlight-V100
MacBookPro:~ bmike$ sudo du -sm /Volumes/*/.Spotlight*
1419 /Volumes/Macintosh HD/.Spotlight-V100
4273 /Volumes/PassportAir/.Spotlight-V100
4567 /Volumes/Retina/.Spotlight-V100