No es posible (al menos no que yo sepa) para especificar el Directorio de destino de la dir. Se trabajará de forma automática a trabajar con su carpeta de inicio mediante la creación de (si usted está en Leopard o superior) una Escasa Paquete (o una Escasa Imagen de Disco si está en Tigre). La razón para el cambio tiene que ver con la Máquina del Tiempo (y para que -en cierta medida - a copia de seguridad de un FileVaulted casa).
Sin embargo, usted puede casi "replicar" la funcionalidad de FileVault para una carpeta específica(s) utilizando la Utilidad de Disco para crear un cifrado sparsebundle imagen de la Carpeta en cuestión. Tendrías que montar esta imagen cada vez que quiero usarlo pero el "efecto" es similar.
Puede crear enlaces simbólicos a los archivos y añadir la imagen a los elementos de inicio de sesión si usted tiene una aplicación que necesita los datos en su ubicación original (que es bastante común). Usted posiblemente tenga que agregar la imagen de la contraseña para el "Llavero" para que automáticamente sea ampliado.
Sería importante leer acerca de la Máquina del Tiempo's limitaciones, ya que de un Directorio de directorio de inicio sólo puede ocurrir cuando usted está de registro (o de salida). Con el fin de hacer que la Máquina del Tiempo, para actuar como regular, usted necesita un OS X Server edition como un objetivo.
De acuerdo a la entrada de la wikipedia (que debería haber citado al principio, ya que tiene toda esta información, mejor escrito y más completa):
FileVault está limitado a encriptar directorios de inicio sólo en las versiones de Mac OS X antes de la 10.7, y sólo los directorios en su totalidad. FileVault puede cifrar todo el disco de inicio con Mac OS X versión 10.7
(énfasis añadido por mí)
Queda por ver si esto es cierto o no, ya que no especulamos acerca de futuras versiones, pero mantener eso en mente.
Como alternativa, hay "varios" programas que también te ayudarán a mantener un seguro "bóveda" de las cosas. Estoy mencionando Exagerada porque me saqué un Paquete de hace un par de años. La he usado tres veces y funciona; no podría ser de alternativas libres (así como el uso de la llanura "Utilidad de Disco").
Actualización: Añadido el enlace proporcionado por Kyle, porque explica cómo hacerlo, pero se mantuvo en mi respuesta porque es "más" :)