Si se forma FAT-32 con MBR basado en el esquema de partición, prácticamente cada Los sistemas operativos que hay en el mercado deberían poder leerlo sin problemas ni controladores de terceros.
El único inconveniente es que FAT-32 no admite archivos de más de ~4,2 GB. Si eso es un problema, yo sugeriría NTFS. Esto requiere un controlador adicional ( NTFS3G ) a escribir archivos (NTFS funciona de sólo lectura en OS X sólo ), pero también es compatible con casi todas las plataformas existentes (Windows, Linux, Android, Mac OS X, FreeBSD, NetBSD, OpenSolaris, QNX, Haiku, y más...).
El esquema de partición GUID es mucho más reciente que los mapas de partición basados en MBR, por lo que no está tan ampliamente soportado. Todo debería soportar el MBR. Si está bien con sólo Win Vista/7, OS X y cualquier distribución Linux reciente, el esquema de partición GUID también debería funcionar.
Hay que tener en cuenta que el problema de la lista de archivos que mencionas en la pregunta es muy extraño. Me suena a un volumen corrupto en la unidad (por ejemplo, una unidad mala, o alguien tiró de la energía en medio de una escritura, y algo se corrompió). He tenido muchas unidades externas (más de 15) y nunca he tenido ningún problema con el sistema USB subyacente que no se haya solucionado simplemente desconectando/reconectando el cable.
El Clase de dispositivo de almacenamiento masivo USB está extremadamente bien entendido, documentado y probado, y que un dispositivo lo implemente de forma incorrecta (particularmente de una compañía tan grande como Seagate) a estas alturas es increíblemente improbable.
