Están en estos lugares en Mavericks:
~/Library/Containers/com.apple.mail/Data/Library/Preferences
~/Library/Containers/com.apple.Maps/Data/Library/Preferences
Fíjate en las mayúsculas: correo en minúscula, mapas en mayúscula.
Para leer y fijar los marcos de las ventanas:
defaults read com.apple.Maps "NSWindow Frame MapMainWindow"
defaults write com.apple.Maps "NSWindow Frame MapMainWindow" '2056 137 1000 712 1920 0 1440 878'
Sin embargo, parece que algunas aplicaciones (tal vez las que tienen AppNap) no obedecen las nuevas preferencias inmediatamente, por lo que es posible que tengas que cerrar la sesión y volver a entrar. Mapas en particular no parece funcionar correctamente, y en Mail, la ventana principal está en una subclave. Podrías, por ejemplo, hacer:
defaults write com.apple.mail "NSWindow Frame Compose Window" '175 36 718 779 0 0 1440 878'
para establecer el marco de la ventana de composición. Todo depende de la tecla que intente establecer.