Como solución, he encontrado esto:
Anotar con Vista Previa o GoodReader. En el iPad, GoodReader puede extraer el texto de las anotaciones, cuando se selecciona "ver resumen". Este resumen se puede guardar como un archivo txt.
[ Actualización : GoodReader parece haber eliminado la opción "ver resumen" en formato .txt por alguna razón insondable. Una solución (al menos para mí) es utilizar el servicio gratuito, Enviar a DropBox . Sólo tienes que seleccionar "resumen por correo electrónico", y las anotaciones aparecen en un mensaje de correo electrónico. Envíalo a tu dirección de correo de Send to DropBox, y tendrás un archivo .txt con tus anotaciones. En muchos sentidos, si usas DropBox, esto es más fácil porque elimina el paso de subir el .txt].
En OS X, he descargado Descremada . Puedo abrir un copia de un pdf con anotaciones en Vista Previa o GoodReader, y luego convertir las anotaciones al formato .skim seleccionando archivo>convertir notas. Una vez hecho esto, puedo seleccionar archivo>exportar y hay una opción para exportar las notas como un archivo txt.
Si a alguien se le ocurre una solución más elegante, estaría muy interesado en escucharla.