He cambiado Cmd y Ctrl en las preferencias del sistema.
Tengo definidos los siguientes enlaces de teclas:
"@\UF702" = "moveWordBackward:"; /* Cmd + LeftArrow */
"@\UF703" = "moveWordForward:"; /* Cmd + RightArrow */
"$@\UF702" = "moveWordBackwardAndModifySelection:"; /* Shift + Cmd + Leftarrow */
"$@\UF703" = "moveWordForwardAndModifySelection:"; /* Shift + Cmd + Rightarrow */
Pero no se están utilizando, en lugar de seleccionar la siguiente palabra selecciona hasta el siguiente final de línea.
PS He utilizado las instrucciones aquí http://benogle.com/2010/01/18/windowslinux-developers-remap-your-mac.html