La Utilidad de Discos dice que tengo el doble de almacenamiento del que tengo, causando problemas de partición

No conozco el historial de tu iMac pero tu disco duro interno está bastante estropeado.

La unidad está dividida en cinco partes:

• la partición EFI en el índice 1 con un tamaño de 209 MB
• un Volumen Físico en el índice 2 con un tamaño de 2,2 TB
• una partición Recovery HD en el índice 3 con un tamaño de 650 MB
• un Volumen Físico en el índice 4 con un tamaño de 801 GB
• una partición Boot OS X en el índice 5 con un tamaño de 134 MB

Además, el dispositivo contiene un grupo de volúmenes lógicos (CoreStorage). CoreStorage es un gestor de volumen lógico, que es una capa adicional entre el dispositivo/partición y un volumen.

Un Grupo de Volumen Lógico se basa en uno o varios Volúmenes Físicos (que pueden ser uno o varios dispositivos/particiones físicas) y puede contener una o varias Familias de Volumen Lógico/Volúmenes Lógicos.

• En un disco la disposición común de un LVG es: LVG < un PV (disco0s2) > un LVF > un LV (disco1).

• En dos discos (por ejemplo, un Fusion Drive) la disposición común de un LVG es: LVG < dos PVs (disk0s2 & disk1s2) > un LVF > un LV (disk2).

Su disco actual (disco0) tiene una disposición no estándar: LVG < dos PVs (disk0s2 & disk0s4) > un LVF > un LV (disk1). Esto puede ocurrir después de redimensionar la pila de CoreStorage y añadiendo una partición adicional en el espacio de disco entonces no asignado, formateándola como volumen HFS y añadiéndola como un segundo Volumen Físico al Grupo de Volumen Lógico ya existente.

Realmente no puedo explicar el origen del volumen Boot OS X (disk0s5).

Para salvar el desorden, la copia de seguridad Macintosh HD con Time Machine, arrancar en el modo de recuperación de Internet, reparticionar la unidad interna en una partición (principal) que no sea CoreStorage y restaurar la copia de seguridad:

• Arranca en tu volumen principal y conecta tu unidad de copia de seguridad de Time Machine. Vaya a la barra de menús e inicie otro ciclo de copia de seguridad de Time Machine eligiendo "Copia de seguridad ahora...".

• Desmonte la unidad de Time Machine una vez que la copia de seguridad haya finalizado

• Reinicie el modo de recuperación de Internet pulsando alt cmd R en el arranque.
  Los requisitos previos son la última actualización del firmware instalada, una red ethernet o WLAN (WPA/WPA2) y un router con DHCP activado.
  En una línea de 50 Mbps tarda unos 4 minutos (presentando un pequeño globo animado) en arrancar con una imagen de netboot de recuperación que normalmente se carga desde un servidor apple/akamai.

  Yo recomiendo ethernet porque es más fiable. Si estás restringido a WIFI y el proceso de arranque falla, simplemente reinicia tu Mac hasta que consigas arrancar.

  Como alternativa, puede comenzar desde una unidad de disco duro de arranque del instalador (Yosemite o El Capitan) o una unidad de disco duro que contenga un sistema completo (Yosemite o El Capitan).

• Abrir en el menú Utilidades/Terminal

• Entre en diskutil cs list

• Obtendrá un resultado idéntico al de su pregunta

• entrar en diskutil cs delete lvgUUID (con lvgUUID: el UUID de su Grupo de Volumen Lógico). En tu caso es diskutil cs delete D60F9C59-F78F-4DA6-A77E-BFCBAA1CCDE7 .

  El comando debería eliminar todos los elementos de CoreStorage.

• Entre en exit en la Terminal

• En la ventana principal del modo de recuperación, abra la "Utilidad de discos".

• Elija el disco principal (¡no uno de los volúmenes!) y pulse el botón Borrar.

• Reparticionar el disco principal en 1 partición, OS X Extended (Journaled) y mapa de partición GUID.

• Conecte su unidad externa de copia de seguridad de Time machine

• Salga de "Utilidad de Discos" y abra "Restaurar desde Time Machine". Elija la unidad externa como fuente de copia de seguridad y restaure la última copia de seguridad de Time Machine en su unidad interna vacía.

• Después de restaurar la copia de seguridad, salga de todas las aplicaciones y reinicie en su unidad principal.