En primer lugar, debes asegurarte de que los contactos que esperas sincronizar están realmente almacenados en Exchange. En tu caso, podrías tener los contactos almacenados en 3 ubicaciones diferentes 1) localmente en tu iPhone, 2) en iCloud, 3) en el servidor de Exchange.
Para asegurarse de que sus contactos están realmente en Exchange, utilice Exchange Web Access para comprobar que los contactos en cuestión están realmente en el servidor de Exchange.
A continuación, en tu iPhone, ve a la aplicación "Contactos" > "Grupos" > y asegúrate de que tu cuenta de Exchange está habilitada para su visualización.
A veces es útil desactivar todas las cuentas basadas en el servidor en "Grupos" para ver qué contactos están realmente almacenados localmente en el teléfono. A continuación, puedes habilitar una cuenta a la vez para ver qué contactos adicionales aparecen.