Esta es una respuesta parcial, relativa al problema del wifi. Releyendo la pregunta entiendo que el dispositivo tampoco aparece cuando se conecta por USB. Estoy esperando más información del OP antes de abordar eso. Mientras tanto, esto será útil para aquellos que sufren el problema de la sincronización wifi, y podría resolver el problema de la OP:
Que iTunes no vea el o los dispositivos iOS es un problema bastante común y molesto con la sincronización por wifi. No estoy seguro de si es un verdadero error o es un conflicto del sistema en determinados entornos.
En primer lugar, no tiene por qué nuke toda tu configuración de iTunes.
Por lo general, se puede conseguir que iTunes reconozca los dispositivos que faltan abriendo Monitor de actividad (Mac OS) o Administrador de tareas (Windows) y matando el AppleMobileDeviceHelper servicio. Nota: no quiere desmarcar (eliminar) el servicio en Windows, sólo quiere matarlo o reiniciarlo.
Si eso no funciona, puedes conectar el dispositivo al ordenador y utilizar iTunes para desactivar y luego reactivar la sincronización por wifi. Tienes que aplicar los cambios para ambas acciones, no basta con pulsar la casilla dos veces seguidas.
Ninguna de estas soluciones es permanente, aunque a veces puedo pasar meses sin que se repita.
Referencias:
Base de conocimientos de Apple: iTunes 10.5 y posteriores: Solución de problemas de sincronización Wi-Fi de iTunes
OS X Daily: ¿La sincronización Wi-Fi no funciona? Así es como se soluciona para todos los dispositivos iOS
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¿Qué sistema operativo utiliza?
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Estoy trabajando en una teoría sobre las posibles causas. Si abre el Monitor de Actividad en su Mac (o el Administrador de Tareas en su PC), ¿ve el servicio AppleMobileDeviceHelper en ejecución?
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¿Están los dispositivos en la misma red Wi-Fi? ¿Y sigue ocurriendo este problema? Ya ha pasado más de un año.