En dos ocasiones, no he podido vaciar mi papelera porque contenía un pdf que el sistema decía que estaba en uso. En ambas ocasiones, escribí el comando lsof para averiguar qué aplicación lo estaba utilizando. En ambos casos, se indicaba Vista Previa, pero no aparecía en el Dock. El Monitor de Actividad sí muestra Vista Previa en ejecución.
¿Cómo es posible?
Lo que está experimentando es un efecto secundario de Terminación automática una función introducida en 10.7 Lion. Esta función permite al sistema operativo cerrar aplicaciones cuando necesita los recursos que están utilizando o cuando decide que ya no las estás utilizando. Sin embargo, aunque elimina la aplicación de tu pantalla, si dispone de recursos suficientes mantendrá el proceso en estado de suspensión por si piensas volver a utilizarlo, lo que le permitirá relanzarlo rápidamente.
Puedes comprobarlo tú mismo abriendo un JPEG en Vista Previa. Si cierras el JPEG y pones otra aplicación en primer plano, verás que Vista Previa desaparece del dock casi al instante. Sin embargo, si compruebas el Monitor de Actividad, durante un rato, deberías ver Vista Previa en la lista pero con 0.0 CPU, y si ejecutas ps -j | grep Preview debería ver el proceso en la lista pero con el estado "S" para dormir.
Si Vista Previa te impedía borrar archivos PDF de tu Mac, mi suposición es que tenías los archivos abiertos en Vista Previa pero la aplicación había estado en segundo plano durante un tiempo, así que el sistema operativo decidió que ya no la usabas y la cerró. Sin embargo, el proceso de Vista Previa seguía ejecutándose en un estado de suspensión listo para volver a la vida rápidamente si lo deseabas, y casualmente también mantenía abierto el acceso a los archivos PDF, lo que impedía que se borraran. Con el tiempo, el sistema operativo liberaría Vista Previa de la memoria y liberaría también su control sobre los archivos.
Es posible que se haya modificado el plist de la aplicación (por ejemplo, /Applications/Preview.app/Contents/Info.plist). Existe un ajuste LSUIElement que, si es verdadero, hace que la aplicación se oculte del dock, del conmutador de aplicaciones ⌘-Tab, etc. Véase esta pregunta similar para más detalles.
Lo que se muestra en el Dock tiene poca correlación con todo lo que se está ejecutando. El Dock es sólo una GUI que muestra, generalmente, si un componente GUI de una aplicación se está ejecutando. Hay cientos de procesos en segundo plano que no se muestran en el Dock; me imagino que Vista Previa podría tener algún proceso en segundo plano para escribir los cambios o algo que podría permanecer vivo a pesar de que la GUI se cerró. Otra cosa que podría estar pasando es que el sistema lo mantiene en la memoria por un tiempo a pesar de que lo cerró, para fines como el almacenamiento en caché / más rápido inicio de aplicaciones.
La conclusión es que no se puede esperar que el Dock refleje exactamente lo que ocurre en el sistema; es sólo una simple interfaz gráfica de usuario para los usuarios habituales.
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