Lo que está experimentando es un efecto secundario de Terminación automática una función introducida en 10.7 Lion. Esta función permite al sistema operativo cerrar aplicaciones cuando necesita los recursos que están utilizando o cuando decide que ya no las estás utilizando. Sin embargo, aunque elimina la aplicación de tu pantalla, si dispone de recursos suficientes mantendrá el proceso en estado de suspensión por si piensas volver a utilizarlo, lo que le permitirá relanzarlo rápidamente.
Puedes comprobarlo tú mismo abriendo un JPEG en Vista Previa. Si cierras el JPEG y pones otra aplicación en primer plano, verás que Vista Previa desaparece del dock casi al instante. Sin embargo, si compruebas el Monitor de Actividad, durante un rato, deberías ver Vista Previa en la lista pero con 0.0 CPU, y si ejecutas ps -j | grep Preview
debería ver el proceso en la lista pero con el estado "S" para dormir.
Si Vista Previa te impedía borrar archivos PDF de tu Mac, mi suposición es que tenías los archivos abiertos en Vista Previa pero la aplicación había estado en segundo plano durante un tiempo, así que el sistema operativo decidió que ya no la usabas y la cerró. Sin embargo, el proceso de Vista Previa seguía ejecutándose en un estado de suspensión listo para volver a la vida rápidamente si lo deseabas, y casualmente también mantenía abierto el acceso a los archivos PDF, lo que impedía que se borraran. Con el tiempo, el sistema operativo liberaría Vista Previa de la memoria y liberaría también su control sobre los archivos.