¿Cómo se comportan las aplicaciones instaladas a través de Mobile Device Management?

Tener un MDM no cambia el comportamiento de los permisos y la eliminación de aplicaciones en iOS, por lo que sólo facilita la obtención de un código de canje en el dispositivo.

Lo que realmente importa es quién ha firmado la aplicación. Si la aplicación está firmada por Apple, no importa si procede de iTunes, de la restauración de iCloud, de MDM o de la tienda de aplicaciones de Apple. Un usuario puede eliminar todas las aplicaciones o ninguna en función del perfil de iOS vigente.

Ahora, para las aplicaciones firmadas por la empresa (o las aplicaciones firmadas por el desarrollador), puedes vincular un certificado de firma o una cadena de confianza a un perfil de configuración y asegurarte de que las aplicaciones firmadas por ese certificado se eliminen cuando se elimine el perfil.

Así, un usuario puede decidir eliminar una aplicación o eliminar todas las aplicaciones o eliminar el perfil. Pero el usuario no puede eliminar el perfil y mantener las aplicaciones.

Esta es una buena visión general. Si selecciona una solución MDM en particular (Casper, AirWatch, Mobile Iron, etc.) o simplemente utiliza la utilidad de configuración del iPhone o el Configurador de Apple, puede volver a preguntar esto para concretar su escenario de implementación particular y podemos profundizar en lo que busca lograr.