La razón por la que ambos siguen existiendo es porque siguen siendo servicios separados ofrecidos por Apple. Los usuarios de MobileMe antes del anuncio de iCloud pagaban una cuota anual por el servicio. En lugar de reembolsar a esos clientes, Apple seguirá ofreciendo los servicios de MobileMe sólo a los abonados que tienen una suscripción activa .
MobileMe dejó de aceptar nuevos clientes alrededor de junio de 2011. Si no me equivoco, será hasta junio de 2012 cuando esos usuarios terminen sus suscripciones. En ese momento, todos los servicios de MobileMe dejarán de funcionar y espero que Apple actualice OS X para que se elimine el panel de Preferencias del Sistema de MobileMe.
Este artículo de Apple contiene más información sobre la transición de MobileMe a iCloud, así como una tabla comparativa que muestra qué servicios de MobileMe seguirán existiendo en iCloud. La versión resumida es que, a excepción de la publicación en iWeb, la galería fotográfica de MobileMe y iDisk, el resto de las funciones de MobileMe se encontrarán de una u otra forma en iCloud. Espero que esto ayude.