¿Acabas de elegir la opción Reinstalar OS X sin borrar primero el volumen de OS X? Si quieres hacer un borrado y reinstalación, consulta http://support.apple.com/kb/PH11273 .
Si hiciste un borrado y reinstalación, puede ser el mismo problema que tuve con mi Macbook Air. El espacio de disco utilizado aparecía como de unos 100 GB, pero la suma de los tamaños de todos los archivos era de unos 80 GB. Los 20 GB adicionales se clasificaron como "otros" en la ventana Acerca de este Mac y como "espacio oculto" por DaisyDisk:
Cuando intenté verificar el volumen de OS X en la Utilidad de Discos, apareció un error sobre un recuento de bloques libres no válido. Pude deshacerme del error y liberar el espacio en disco iniciando desde la partición de recuperación y reparando el volumen.
Otra forma de encontrar archivos grandes es activar el cálculo de todos los tamaños y ordenar los archivos por tamaño en la vista de lista en el Finder: