Tengo este extraño problema, a menudo uso cmd+tab para cambiar entre aplicaciones abiertas. Después de actualizar mi sistema operativo a El Capitán empezó a comportarse raro. A veces no cambia a la última ventana enfocada sino que cambia a la última aplicación visible en esa barra que se muestra después de pulsar este atajo. Realmente me asusta.
Para explicar mejor este problema he grabado un vídeo cmd+tab Cuando se produce este error, me detengo un rato y apunto con el cursor al elemento de la aplicación en esa barra.
Tengo que mencionar que todo este tiempo estoy usando cmd+tab solamente, sin shift presionado.