No hay ninguna referencia a la relación de aspecto personalizada en Manual de iMovie Ni ningún ajuste en las propiedades del proyecto o de la herramienta de recorte.
Si las relaciones de aspecto personalizadas fueran compatibles con iMovie, creo que Apple las haría fáciles de encontrar.
Al fin y al cabo, iMovie es un producto de consumo, y han excluido esas funciones "avanzadas" para conseguir más clientes para Final Cut Suite.
La única solución a tu problema sería recortar el material antes de importarlo a iMovie.
Puedes utilizar aplicaciones gratuitas como MPEG Streamclip o VideoMonkey (que es la versión de código abierto de VisualHub).
Aunque no he utilizado ninguno de ellos para recortar, sí que admiten relaciones de aspecto personalizadas.
Espero que esto ayude.