OS X tiene algún tipo de soporte para la instalación automática de actualizaciones, pero se limita a "archivos de datos del sistema y actualizaciones de seguridad" - no estoy seguro de lo que constituyen exactamente los archivos de datos del sistema, pero presumiblemente los controladores que se distribuyen normalmente a través de Software Update, pero posiblemente también las actualizaciones de puntos de OS X. La documentación de Apple no es clara al respecto.
Puede habilitarlo en el Actualización del software del panel de Preferencias del Sistema:
Sin embargo, esto no actualizará ninguna aplicación, y posiblemente tampoco todas las actualizaciones de OS X (de nuevo, Documentación de Apple no es muy claro en cuanto a lo que cuenta como "archivo de datos del sistema").
La otra solución que puede interesarle es AppFresh que afirma ser una ventanilla única para todas las actualizaciones de software, de OS X o de terceros. No lo he utilizado, pero parece ser capaz de integrar e instalar automáticamente desde Software Update (y enumeran la compatibilidad con Mountain Lion, así que asumo que incluye las actualizaciones a través de la App Store ahora), aplicaciones que utilizan el actualizador Sparkle bastante popular, así como actualizadores de Microsoft y Adobe.