Si reparo los permisos dos veces seguidas, sin lanzar ninguna aplicación o proceso mientras lo hago, los resultados son casi los mismos:
¿Por qué la segunda vez parece que se vuelven a encontrar los problemas?
Los errores con Safari se deben a que -rwxr-xr-x debería ser lrwxr-xr-x donde el l indica enlace simbólico. No estoy seguro de que esto sea algo que se pueda "arreglar" desde el punto de vista de los permisos, ya que o algo es un enlace simbólico o no lo es. Reparar Permisos ha sido eliminado en El Capitán, por lo que es probable que se pase por alto la compatibilidad con las versiones actualizadas de Safari.
El error sobre el InstalledPrinters.plist parece una discrepancia de permisos normal y no sé por qué no se reparó. Es posible que los demonios de las impresoras lo restablezcan.
Es normal que se muestre el error de ARDAgent, ya que el error está incluido en esta lista por Apple de mensajes a ignorar .
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