OSX se cuelga repentinamente/se bloquea todo el tiempo - posiblemente causado por windowserver o aperture?

Desde hace un día, mi Macbook Pro se ha vuelto (de repente) muy lento. Por supuesto, esto es sólo un par de días antes de una fecha límite importante :-). Cualquier ayuda será apreciada. Si hay alguna pregunta que pueda responder, pregunte.

• Es una bola de playa todo el tiempo. Esto ocurre en cualquier aplicación que esté ejecutando en ese momento, e independientemente de cuántas aplicaciones estén abiertas y qué aplicaciones estén abiertas en ese momento.
• Parece ser especialmente lento cuando se realizan acciones que requieren dibujar cosas. Por ejemplo, mostrar el dock, escribir texto, pegar texto, abrir un menú con el botón derecho o una nueva ventana. Por ejemplo, acabo de intentar hacer clic con el botón derecho para abrir un menú y se ha quedado bloqueado. No estoy del todo seguro de si esto tiene algo que ver con que OSX realmente tenga que dibujar cosas, o si es sólo que es lento porque necesita hacer algo ligeramente más complejo, pero creo que tiene algo que ver con los gráficos.
• A veces, cuando una aplicación determinada empieza a fallar, puedo cambiar a otra aplicación y puedo utilizarla sin problemas. Volver a cambiar a la aplicación que se está colapsando se vuelve imposible. A veces, incluso el cambio a otras aplicaciones o el uso de la exposición deja de funcionar.
• A veces el dock (configurado en autohide) parece no querer mostrarse, o cuando hago clic en una aplicación en él, no parece suceder nada. Es como si no registrara mi clic. Lo mismo ocurre con el launchpad o, por ejemplo, con los botones de atrás/adelante de Firefox.

No se me ocurre ninguna causa directa. Ayer lo usaba bien, y desde ayer por la noche se ha estropeado de repente. Hace dos o tres días, instalé dos aplicaciones: Boom (incluyendo su aplicación de ayuda, BoomDevice) y Aperture (porque meh@Apple Photos). Desde entonces he desinstalado ambas con CleanMyMac3, y he ejecutado un script para eliminar la aplicación de ayuda. Sin embargo, no hay mejoras (he reiniciado).

He tenido la sensación en anteriores instalaciones de Mac OS X que mi Mac se vuelve lento después de instalar Aperture, incluso cuando no se está ejecutando, pero nunca se ha vuelto tan lento.

Lo que ya he hecho/comprobado

• Comprobado el monitor del sistema para ver si hay algún proceso acaparando memoria o CPU. No parece haber ningún proceso que ocupe más del 10% de la CPU. A excepción de Windowserver, que parece tomar entre el 3% y el 15% de la CPU, lo que me parece alto.
• Utilicé bitdefender para ejecutar escaneos de virus críticos y profundos del sistema - sin resultados.
• Se han eliminado todos los widgets "Hoy" del menú de notificaciones
• Probado si parece ligado a la ejecución de una aplicación particular como Firefox o Calibre.
• Restablecer mi perfil de Firefox
• He ejecutado el mantenimiento de CleanMyMac 3 scripts
• Desinstalar Aperture, Spotify y Boom con el desinstalador de CleanMyMac3
• Desinstalar la aplicación de ayuda BoomDevice utilizando el Apple script proporcionado por los desarrolladores
• Ejecuté la herramienta de primeros auxilios de la Utilidad de Discos en la partición del HD de Macintosh y en el propio HD (?). No encontró nada en la partición del disco duro del Mac, pero en el propio disco duro (¿la cosa de los números/código de serie?) encontró algún problema menor de la partición que arregló (sin éxito)
• Desactivar todas las fuentes en la configuración de Spotlight

Cuestiones pasadas que pueden ser relevantes

• Un problema del pasado que vale la pena mencionar es que he devuelto este Macbook para su reparación dos veces, bajo garantía, porque su placa lógica estaba frita (el conocido problema de los gráficos con el último modelo de macbook de 2011 donde su tarjeta gráfica moría y la pantalla se volvía loca. El problema raro es que esto ocurría incluso después de haberlo reparado dentro del programa especial de Apple). Tengo un poco de miedo de que mis problemas actuales sean un precursor de que esto vuelva a ocurrir.
• He devuelto este Macbook dos veces para reinstalar Mac OS X ya que de alguna manera el instalador de Mac OS X (en el modo de recuperación) no reconoce el número de serie de este ordenador. Esta es también la razón por la que no acabo de reinstalar El Capitán ahora mismo (o actualizar a la nueva versión), porque tengo miedo de que convierta mi Macbook en un ladrillo de nuevo

Información sobre el ordenador

• Modelo: MacBook Pro (15 pulgadas, finales de 2011)
• Versión del sistema operativo: El Capitan (10.11.6)
• Gráficos: Gráficos Intel HD 3000 384 MB
• Memoria: 4GB
• Aplicaciones más utilizadas: Firefox, Sublime Text, Alternote, iBooks