Tristemente no hay un formato común que funcione bien tanto para Time Machine como para cualquier sabor de Windows.
A menos que estés interesado en comprar un software de soporte del sistema de archivos para hacer que Windows en un PC funcione con HFS+ o hacer que OS X en un Mac funcione con NTFS, la mejor solución es dividir la unidad en dos secciones.
Seleccionaba el formato de volumen GPT (tabla de particiones GUID) y luego hacía una parte de la unidad HFS+ para los archivos sólo de Time Machine y Mac. La otra partición debería ser FAT/ExFAT para que tanto el Mac como el PC puedan leer/escribir todos los archivos de esa unidad.
O podrías quedarte con todo el disco HFS+ y activar el intercambio de archivos. El Mac volverá a compartir toda la unidad a través de SMB para que el PC pueda leer/escribir en los archivos de la unidad de forma indirecta, pero sin necesidad de exponerse directamente a los detalles de implementación del sistema de archivos. Por supuesto, esta es una solución deficiente si realmente quieres que sólo un ordenador esté conectado a la unidad y necesitas transportar los archivos o si los sistemas no pueden conectarse en red y/o hacer que el Mac funcione todo el tiempo cuando el PC necesita acceder a los archivos.