Que conste que estamos hablando de esto:
El problema es que OS X no recuerda si desmarcaste la casilla en el último apagado - siempre mantendrá la casilla marcada por defecto en los siguientes apagados.
He encontrado dos soluciones diferentes para este problema que parecen funcionar, aunque no son ideales.
Abra Terminal.app e introduzca los siguientes comandos:
defaults write com.apple.loginwindow TALLogoutSavesState -bool false
defaults write com.apple.loginwindow LoginwindowLaunchesRelaunchApps -bool false
Esto deshabilita efectivamente la opción de "reabrir Windows al volver a iniciar sesión", aunque la casilla seguirá apareciendo marcada. Puedes ignorarla.
Me temo que no hay una solución mejor, al menos no por el momento.
Actualización: OS X 10.7.4 lo ha solucionado: ahora recuerda tu selección: