Curiosamente he tenido un problema muy similar. Había una pequeña barra que aparecía debajo del Dock en mi escritorio, más o menos tan larga como el Dock es de ancho (mi Dock es vertical) y con esquinas redondeadas. Era negra, y los puntos de las aplicaciones en ejecución en mi Dock también son negros (mientras que el tuyo es gris, y la barra es gris).
La actualización de 10.10.1 a 10.10.2 hizo que desapareciera. Luego reapareció, junto con una segunda. Sobrevivió a los reinicios. No creí que fuera realmente parte del Dock, porque permaneció en el mismo lugar cuando moví el Dock del lado derecho de la pantalla a la parte inferior. Sin embargo, cuando apareció el segundo, y pasé el cursor por encima del Dock (activando la ampliación de los iconos), se quedó por encima de los iconos del lado de las aplicaciones del Dock, y quedó por debajo de los iconos del lado de la Papelera del Dock.
Finalmente ejecuté este comando de terminal para matar el Dock, y cuando se reinició, las barras habían desaparecido. Ha pasado como un día y no han vuelto a aparecer. Crucemos los dedos. Supongo que se trata de un error de Yosemite.
killall -KILL Dock