¿Por qué la extracción de este tgz da un error en mi Mac pero no en Linux?

La existencia de un archivo duplicado en el archivo no debería hacerlo inválido o incapaz de ser extraído en OSX, ya que por defecto, tar sobrescribe los duplicados.

Por lo tanto, estoy un poco confundido por el comportamiento en su Gist - OSX tar permite que los archivos duplicados en un archivo (un retroceso a su propósito original como un t ape ar cebollino por lo que permite añadir archivos al final del archivo de cinta, y cuando se restaura el archivo la versión más reciente del archivo sobrescribirá la(s) versión(es) más antigua(s)))

Sólo cuando la opción "-k" está presente, tar debe advertir sobre los archivos preexistentes.

Aquí he creado un archivo con un duplicado y lo he extraído sin problemas. No fue hasta que añadí la opción -k que me advirtió sobre el archivo duplicado:

Macbook> tar --version
bsdtar 2.8.3 - libarchive 2.8.3
Macbook> mkdir test
Macbook> touch test/a test/b
Macbook> tar -zcvf test.tar.gz test test/a
a test
a test/a
a test/b
a test/a
Macbook> tar -ztvf test.tar.gz
drwxr-xr-x  0 user group       0 Jul 28 10:42 test/
-rw-r--r--  0 user group       0 Jul 28 10:42 test/a
-rw-r--r--  0 user group       0 Jul 28 10:42 test/b
-rw-r--r--  0 user group       0 Jul 28 10:42 test/a
Macbook> rm -r test
Macbook> tar -xvf test.tar.gz
x test/
x test/a
x test/b
x test/a
Macbook> echo $?
0
Macbook> rm -r test
Macbook> tar -k -xvf test.tar.gz
x test/
x test/a
x test/b
x test/a: Already exists
tar: Error exit delayed from previous errors.
Macbook> echo $?
1

Un simple problema de umask tampoco parece ser el culpable, he probado a cambiar mi umask a 0777 y todavía puedo extraer el archivo:

Macbook> tar -xvf test.tar
x test/
x test/a
x test/b
x test/a
Macbook> ls -l test
ls: test: Permission denied
Macbook> sudo ls -l test
total 0
----------  1 someuser  wheel  0 Jul 28 13:48 a
----------  1 someuser  wheel  0 Jul 28 13:48 b

Pensé que podría duplicar el problema añadiendo deliberadamente un directorio no escribible al archivo, pero eso no funcionó, tar no actualizó los permisos del directorio cuando extrajo el archivo:

Macbook> mkdir -p testdir1/test testdir2/test
Macbook> touch testdir1/test/{a,b} testdir2/test/a
Macbook> chmod -w testdir2/test
Macbook> touch testdir2/test/b
touch: testdir2/test/b: Permission denied
Macbook> find testdir* -ls  | awk '{print $3, $11}'
drwxrwx--- testdir1
drwxrwx--- testdir1/test
-rw-rw---- testdir1/test/a
-rw-rw---- testdir1/test/b
drwxrwx--- testdir2
dr-xr-x--- testdir2/test
-rw-rw---- testdir2/test/a
Macbook> cd testdir1
Macbook> tar -cvf ../test.tar test/*
a test/a
a test/b
Macbook> cd ../testdir2
Macbook> tar -rvf ../test.tar test
a test
a test/a
Macbook> cd ..
Macbook> tar -tvf ./test.tar
-rw-rw----  0 username groupname       0 Jul 28 15:40 test/a
-rw-rw----  0 username groupname       0 Jul 28 15:40 test/b
-rw-rw----  0 username groupname       0 Jul 28 15:40 test/a
dr-xr-x---  0 username groupname       0 Jul 28 15:40 test/
-rw-rw----  0 username groupname       0 Jul 28 15:40 test/a
Macbook> tar -xvf test.tar
x test/a
x test/b
x test/a
x test/
x test/a
Macbook> 

También probé a cambiar los permisos de test/a a 000, añadirlo al archivo y luego añadir otro test/a, pero ese también funcionó bien:

drwxrwx---  0 username groupname       0 Jul 28 15:40 test/
-rw-rw----  0 username groupname       0 Jul 28 15:40 test/a
-rw-rw----  0 username groupname       0 Jul 28 15:40 test/b
dr-xr-x---  0 username groupname       0 Jul 28 15:40 test/
----------  0 username groupname       0 Jul 28 15:40 test/a
-rw-rw----  0 username groupname       0 Jul 28 15:40 test/a

Así que me gustaría ver el archivo original que causó el problema y ver qué pudo haber en ese archivo para causar este problema.

Si un nombre de archivo y un directorio comparten el mismo nombre, tar tiene un problema de extracción, pero tiene un mensaje de error bastante claro:

Macbook> tar -xvf test.tar
x test/
x test/dir1/
x test/dir1/a
x test/
x test/dir1: Can't remove already-existing dir
tar: Error exit delayed from previous errors.

(si el conflicto se produjo al revés, es decir, un archivo llegó primero y luego un directorio con el mismo nombre, tar simplemente lo elimina y crea el directorio:

Macbook> tar -xvf test.tar
x test/
x test/dir1
x test/
x test/dir1/
x test/dir1/a

Resulta que la utilidad tar de OS X era la correcta. Efectivamente, había un error en el archivo. Este hilo de correo electrónico lo discute con más detalle, pero el problema es que hay un duplicado en el archivo . Los chicos de SCIP están arreglando el archivo mientras escribo esto.

[editar]
El nuevo scip-3.2.0.tgz actualizado se extrae sin problemas. El hash SHA-1 del nuevo tgz es 5b4e8283f4a5bf9e50f9a62d4320d6f5f50c8476 .

[editar 2]
No es que haya un error en el archivo. Es simplemente que bsdtar que viene con OS X, maneja los archivos duplicados de manera diferente que gnutar que viene con Linux. Respuesta de @Adam Liter aquí ofrece una explicación exhaustiva de lo que ocurre.

Hay un software de archivo alternativo, gratuito y ligero que utilizo para Mac OSX. Se llama Keka y lo uso para descomprimir 7zip más específicamente. Además, puede descomprimir otros tipos como .rar, .tar, .gz, etc. También funcionó para el archivo tar específico del OP, pero lo intenté después de que @Geoff mencionara que el equipo estaba trabajando en la reparación del archivo.