Yo tuve el mismo problema (o al menos parecido): Un vídeo grabado con mi iPhone 4S (que ejecuta el iOS 6 más actualizado) no se reproducía en el reproductor Quicktime, pero SÍ se reproducía en la vista previa del Finder, sorprendentemente. Finalmente descubrí lo que hice mal: Primero descargué todo mi "Camera Roll" a mi Mac en iPhoto, y luego exporté los archivos desde allí a una carpeta del Finder. Sin embargo, no me fijé en que el tipo de archivo de exportación por defecto es .jpg, que obviamente no es el adecuado para un vídeo. Así que entré de nuevo en iPhoto, seleccioné el archivo de vídeo, elegí "Exportar" y seleccioné "Original" en lugar de "JPEG" en el menú desplegable "Tipo:". (Estúpidamente, iPhoto vuelve a "JPEG" la próxima vez que lo abres, ¿por qué? Además, ¿por qué no hay una manera más fácil de descargar archivos de imágenes y películas desde el iPhone al Mac que la ruta que acabo de describir? Pero esto no viene al caso...)
De todos modos, ahora el vídeo se reproduce de todas las maneras correctas como estaba previsto. - ¿podría ser algo para probar?