¿Cómo hago que el filtro de mi lista en Java se pueda usar en Automator como un servicio?

Un amigo mío me ha escrito una pequeña aplicación Java que se utiliza para filtrar dos listas de palabras (utilizadas para el trabajo tristemente). Actualmente yo ejecutaría la aplicación en la terminal así:

java ListFilter file1.txt file2.txt > file3.txt

Me gustaría poder convertirlo en un servicio de automatización en el que pueda seleccionar "file1.txt" como la lista original y luego "file2.txt" como las palabras de filtro y luego dar salida al tercer archivo que sería la lista consolidada en el mismo directorio.

Sin embargo, no tengo ni idea de cómo hacerlo y necesito un poco de dirección.

Gracias de antemano.