Según Apple, el GPS incorporado de la serie 2 de Apple Watch no funcionará si el iPhone con el que está emparejado el reloj está dentro del rango.
Así que, dependiendo de tu entrenamiento, tener el iPhone contigo (o cerca) hará que el iPhone haga el trabajo pesado para conservar el uso de la energía del reloj de Apple.
Además, aunque tu iPhone no esté cerca, el GPS de Apple Watch no funcionará a menos que estés haciendo ejercicio. Por ejemplo, si te olvidaste el iPhone en casa cuando fuiste a trabajar y no hiciste nada más que sentarte en el auto o en tu escritorio todo el día, entonces el GPS nunca funcionará.
En cuanto a la opción de apagar manualmente el GPS, no había ninguna en las versiones beta de WatchOS 3, pero hay rumores de que una futura actualización podría añadir esta opción.
Espero que esto ayude.
[EDITAR]
Sólo quería aclarar que el que el GPS de Apple Watch haga efecto o no dependerá también del entrenamiento real. Básicamente, si se trata de un entrenamiento en el interior no lo hará, si se trata de un entrenamiento en el exterior sí lo hará (es decir, si tu iPhone no está cerca). Sin embargo, si se trata de un entrenamiento de natación, el GPS sólo funciona si se trata de un baño en aguas abiertas (es decir, no en la piscina) y estás haciendo estilo libre. Cualquier otro ejercicio que el GPS no hará.