Sí, me temo que tendrá un impacto, pero no necesariamente grande. Estoy en una situación similar, una aplicación aparentemente benigna (Postbox, un cliente de correo de todas las cosas) obliga a mis gráficos discretos en también (mismo modelo, MBP Retina).
Los autores son plenamente conscientes de ello, pero dicen que no pueden hacer nada: en última instancia, la decisión de activar o no los gráficos discretos depende de Apple, ya que se activan automáticamente si OSX detecta que se está llevando a cabo un procesamiento gráfico intensivo.
Al parecer en el caso de Postbox se debe al renderizado de fuentes o algo así. He aprendido a vivir con ello - si estuviera realmente desesperado puedo forzarlo a volver a los gráficos integrados usando la herramienta que mencionas.
La magnitud del efecto depende realmente de lo que haga la aplicación, y sólo tú puedes determinarlo, probando primero con gráficos discretos y observando la batería restante estimada, y luego de nuevo con gráficos integrados. Esto debería ser una pista razonable.