mi esposa acaba de recibir un iphone 3GS. ambos tenemos ID de apple, pero su iTunes en su iPhone muestra mi nombre de usuario

¿Estás utilizando el mismo usuario en tu MacBook? Si es así, probablemente también estés utilizando el mismo iTunes, que probablemente esté configurado con tu ID de Apple. Para usar un ID diferente, tienes que cambiar de cuenta cada vez que sincronices los iPhones. Para cerrar sesión, elige "Store" > "Cerrar sesión" en la barra de menús de iTunes.

Por suerte, todo este lío se acabará cuando salga iOS 5.

También podrías simplemente autorizar ambas cuentas para que funcionen en los ordenadores de casa (tienda--> autorizar este ordenador), y luego, en el IPhone real, ir a ajustes--> tienda--> cerrar sesión, y luego simplemente volver a iniciar sesión con la cuenta de ella.