Las fotos se borran del álbum de favoritos

Respuesta corta: Sí. Al menos para iOS9.

Una respuesta un poco más larga: El álbum de favoritos en la aplicación de fotos en iOS9 genera un enlace a todas las fotos que está marcado con un "corazón". Si elimina la foto, el enlace en el álbum de favoritos también desaparece.

Sí, si eliminas una foto del carrete de la cámara, esa foto también se eliminará de todos los demás álbumes, incluido el de favoritos.
Las fotos en un álbum son sólo un enlace a la foto en el Camera Roll.