App Store
Usted puede comprobar fácilmente si la actualización a través de la Mac App Store es una opción en la App de la app Store y ver si está disponible para usted.
En general, lo que debería suceder es que la App de la Tienda le dará la opción de actualizar a la más reciente sistema operativo que correrá en su Mac Mini. Tu pregunta no especificar que modelo de Mac Mini está ejecutando, pero cualquier Mac Mini desde principios de 2009 en adelante, se puede ejecutar macOS Sierra, por lo que es probable que obtenga la opción de actualizar a eso, lo que no quiere.
Usted puede ser capaz de seguir el uso de la App Store por ir a la adquisición de la ficha y ver si Yosemite es la lista (si previamente has descargado utilizando el mismo ID de Apple).
Unidad USB
Con respecto a su opción de USB, esto puede funcionar dependiendo de qué versión de que el instalador tiene o la forma de poner la instalación en la unidad USB (por ejemplo, Es que arranque desde el USB)?
Suponiendo que todo lo que se ha hecho a la derecha, luego Yosemite soporta las habituales opciones de instalación, incluyendo la "actualización de instalar".
Recuerde:
El mejor enfoque (como siempre) es hacer una copia de seguridad completa antes de realizar la actualización, independientemente de cómo va a hacerlo.