No puedo decir si puedes ejecutar la migración directamente pero espero que puedas. Si no es así, todavía no es tan malo, así que no se preocupe demasiado :-)
En el peor de los casos, tendrás que usar algo como la Utilidad de Discos para restaurar una de las carpetas de instantáneas de Time Machine a un volumen (como una unidad externa) donde se parezca lo suficiente a una unidad externa de arranque.
A partir de ahí no deberías tener problemas para utilizar el Asistente de Migración para migrar esos datos antiguos (ya sea directamente desde la carpeta de Time Machine - o copiados en un disco duro) al igual que el asistente de migración admite migrar desde una unidad externa.
En el pasado, he podido usar la Utilidad de Discos para hacer un archivo DMG de una carpeta de Time Machine y usar el Asistente de Migración en 10.6 para migrar esos datos - pero aún no lo he probado con Lion.
Podrás hacerlo con algo de tiempo y un disco duro USB barato de sobra (o quizás con suficiente espacio en el disco para una copia de imagen completa de una instantánea en el tiempo) - es sólo cuestión de cuántos pasos y espacio en el disco se necesitan.