Mi iPad tiene una ventana emergente que dice que tengo un virus

Es probable que no tengas un virus. Probablemente se trate de una ventana emergente que se lanza cada vez que reabres Safari.

Ir a:

Ajustes > Safari > "Borrar historial y datos de sitios web".

No perderás ningún marcador, sólo borrará el historial del navegador y las pestañas abiertas.

Háganos saber si le funciona.

Como El déficit de sueño dijo Probablemente se trata de una ventana emergente que aparece cada vez que inicias una página, pero hay una manera de deshacerse de ella sin perder el historial y las pestañas abiertas.

1. Forzar el cierre de Safari.
2. Apaga el Wi-Fi (y el servicio celular, si lo tienes).
3. Vuelve a abrir Safari y, como la página no se puede cargar, no te aparecerá la ventana emergente.
4. Cierra la pestaña que te dio la ventana emergente.
5. Vuelve a encender el Wi-Fi (y el servicio celular).

Buena suerte.

Es casi seguro que es una ventana emergente de javascript, no un virus. Puedes deshacerte de ella desactivando temporalmente Javascript.

Ve a Ajustes -> Safari -> Avanzado, y desactiva Javascript. Ahora, vuelve a Safari y cierra esa página para que no se siga abriendo automáticamente. Por último, vuelve a los Ajustes y activa de nuevo Javascript.

Desde iOS 9.3, las ventanas emergentes de JavaScript ya no son completamente modales: puedes seguir interactuando con la IU del navegador. Toca el botón de la pestaña para abrir la lista de pestañas y toca la × para cerrar la pestaña.

Asumiendo que estas ventanas emergentes generalmente se abren al hacer clic/tocar en botones inútiles y engañosos, uno también puede instalar bloqueadores de contenido o bloqueadores de anuncios desde la App Store y habilitarlos en la configuración de Safari.

A veces uso Adguard cuando sé que el sitio mostrará anuncios.

También,

Algunas ventanas emergentes y anuncios tienen botones falsos que se parecen al botón de cierre, así que tenga cuidado si intenta cerrar una ventana emergente o un anuncio. Si no estás seguro, evita interactuar con la ventana emergente o el anuncio y cierra la ventana o pestaña de Safari.

Desde https://support.apple.com/en-in/HT203987

Y Evite los correos electrónicos de phishing, las falsas alertas de "virus", las llamadas de asistencia técnica falsas y otras estafas también tiene algunos consejos de Apple.