El actualizador de Sparkle parece estar roto o tener problemas

Los permisos serían lo último que comprobaría, ya que si estuvieran desactivados, la aplicación ni siquiera se ejecutaría, pero también es algo fácil de descartar. Ten en cuenta que la reparación de permisos de Apple no afecta a los directorios de usuario (donde los errores de permisos realmente tienden a perjudicar a la gente) ni al software de terceros (ya que la Utilidad de Discos sólo corrige los permisos del software que Apple instaló con el SO y las actualizaciones).

Parece mucho más probable que se trate de un problema de comunicación de la aplicación con el servidor que el desarrollador de la misma ha configurado para servir las actualizaciones. Yo empezaría con el soporte de la aplicación en cuestión y vería si puedes verificar que el servidor de actualizaciones está vivo y accesible desde tu red.

Hubo algunos errores de actualización hace un tiempo, pero la mayoría de ellos parecen estar aplastados en las versiones más recientes de Sparkle que los desarrolladores pueden descargar.

https://github.com/andymatuschak/Sparkle/issues?state=open