¿Qué debo hacer para arreglar el homebrew?

Has roto los vínculos. Homebrew ha incorporado una utilidad de reparación.
brew doctor

Después de que Brew termine la utilidad de doctor, corra a prune para actualizar y arreglar los enlaces del simbolo de homebrew.
brew prune

Eso es lo que se espera

"He instalado apache-spark 1.6.1 últimamente y luego lo he desinstalado" así que desinstaló apache-spark 1.6.1 que borra /usr/local/Cellar/apache-spark/1.6.1

Instalando apache-spark 2.0.0. se instalará en /usr/local/Cellar/apache-spark/2.0.0