Ciertas mejoras son posibles, pero no es tan simple.
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Acelera tu Mac es una buena fuente de información, puedes encontrarlos aquí .
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ANandtech hizo cambiar la CPU de un Mac Pro.
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OWC Ventas de Mac tiene actualizaciones de memoria (hay otras).
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Tarjeta de video: A menos que quieras experimentar con firmwares modificados, tu única opción en ese modelo es la ATI 4870 que es considerablemente más rápido que el NVidia normal (es muy notable en aplicaciones de plano x y 3d), pero sigue estando a la zaga de las "últimas ofertas".
De acuerdo con Wikipedia : "El Mac Pro, como otras plataformas Macintosh, requiere el firmware de Mac OS X. Es decir, una tarjeta de video PCIe diseñada exclusivamente para otros sistemas operativos no funcionará correctamente en Mac OS X sin los controladores y/o el firmware apropiados"
Tristemente, ninguna otra tarjeta de video tiene eso, aparte de las ofertas de la Apple. Pero si buscas en Google, hay algunas publicaciones sobre gente que se las arregló para hacer otras tarjetas trabajo.
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Olvídate de actualizar tu placa madre, ya que es un diseño personalizado.
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Los discos duros/SuperDrives son genéricos y pueden ser reemplazados, como ya habrás adivinado.
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Cualquier otro componente probablemente esté diseñado "a medida" para un Mac Pro (la fuente de alimentación por ejemplo) y no podrás salirte con la tuya
¿Vale la pena?
Tengo un Mac Pro de principios de 2008 con 2x4 Intel XEON 2.8 y 10GB de RAM. He actualizado la RAM (de los 2GB a 10 @ OWC como arriba), y pedí la máquina con la tarjeta NVIDIA (8800? No recuerdo), que era la única opción aparte de la ATI2600 de serie o algo así.
Un par de años después, el NVIDIA murió (el tipo de Apple me dijo que tenía bichos y solía fallar), así que conseguí el nuevo ATI 4780 512MB (era 100 euros más barato que el recambio de manzanas de NVIDIA fuera de garantía). La diferencia era realmente notable en las aplicaciones 3d.
No he pensado en actualizar las CPU porque conseguir XEONs más rápidos (no podría actualizarlos a Nehalem ni a nada nuevo) no supondrá una gran diferencia para mí.
Uso un SSD y 4 discos duros en las bahías, si eso cuenta como una actualización (mi disco original era de 750gb, por encima de los 500 de stock).
Lo traje con el módulo Bluetooth/Wifi (era opcional en aquel entonces) y aunque no lo he usado mucho, me fue útil en algunas ocasiones.
OS X no soporta SLI/Crossfire para usar más de una tarjeta de video en paralelo (puedes instalar más de una, pero no es lo mismo), así que olvídate de conseguir dos super tarjetas de video para correr crysis y super-top-ultra-maxima calidad.
Conclusión
Sí, si actualizas la RAM a algo más que los 2GB y sí a la tarjeta de video si haces cosas intensivas en 3d. Exposé funcionará bien en la NVIDIA8800 que tienes, pero X-Plane (entre otras cosas en 3D) será notablemente más rápido con una nueva tarjeta de vídeo.