Cuando se ve un archivo MKV desde la web en VLC, la barra de título (ver "#1" en la imagen abajo) parece ser extraída de los metadatos, no del nombre de archivo.
Si abres el panel de "Obtener información" en VLC, puedes cambiar el título ("#2") y luego hacer clic en "Guardar metadatos" ("#3"), pero al volver a abrir el archivo, se muestra la información antigua.
No he encontrado ninguna otra aplicación para Mac que pueda editar metadatos de MKV. Varios ofrecen editar metadatos de mp4, pero eso no es lo que necesito.