Después de borrar 200 GB necesito repararlo usando el Recovery HD

1. No, tu Mac no reiniciará todos tus archivos. Es sólo mantenimiento del sistema de archivos y no tus archivos.
2. No, probablemente no resolverá tus problemas. Incluso puede empeorar las cosas a nivel de sistema de archivos. O simplemente pedirte que hagas lo mismo, es decir, reparar la partición.
3. Sólo debes hacer lo que se te pide: arrancar a Recovery HD con CMD + R en el inicio y reparar la Partición Principal.

Advertencia : Puede ser que tu disco duro esté fallando, así que haz una copia de seguridad de la máquina del tiempo u otra forma de respaldo antes de ir más lejos.

Personalmente, me mantendría alejado de Yosemite por unos meses más. Mira todas las quejas al respecto en la sección de revisión de la App Store. Nunca antes había visto algo tan negativo.

Su disco podría estar fallando, pero probablemente sólo perdió algunos archivos vinculados. Uso Scannerz para probar mi disco periódicamente porque estoy paranoico, incluso con la Máquina del Tiempo en su lugar. Probar la unidad de respaldo es, FWIW, probablemente más importante que probar la unidad regular porque si la copia de respaldo falla, estás prácticamente hundido.

Como dijo el otro cartel, asegúrate de que todas las copias de seguridad de tu máquina del tiempo estén actualizadas, y luego deja que el sistema siga adelante e intente corregir los archivos de índice. Los errores que estás mostrando no son tan graves pero quién sabe. Más vale prevenir que curar.

Si los sectores de un disco duro o los bloques de una unidad SSD desaparecen debido a los daños, pueden producirse problemas de indexación, pero supongo que tal vez la unidad se apagó una o dos veces o tal vez la unidad se apagó mientras se realizaba una operación de escritura.

Esperemos que esto no sea un gran problema.

Buena suerte.